很多學者在比較了解海澡糖與其他一些小分子量糖類之后，發現海藻糖具有其*的物理和化學性質，而正是這些*的性質使其具有*的保護作用。

海藻糖是由兩個葡萄糖分子通過半縮醛羥縮合而成，由于不存在游離的醛基，故為一種非還原型雙糖。

海藻糖的分子結構和理化性質使它成為一種十分穩定的雙糖H3。海藻糖中連接兩個已糖環的糖苷鍵有非常低的能量。而非還原糖蔗糖的糖苷鍵能量要高得多，因此，海藻糖的糖苷鍵不易被水解，除非是在的酸性環境或在海藻糖酶的作用下。海藻糖有3種光學異構體，盡管新型海藻糖和同型海藻糖已被人工合成，但在自然界中很少存在，而蘑菇糖，從酵母或生物轉化獲得的海藻糖為Q型，它具有甜味，但甜味只有蔗糖的45%。